La cripta della chiesa di Santo Stefano, oggi Museo delle Mummie di Ferentillo, nasce a seguito della grande fioritura urbanistica ed artistica del paese voluta dalla famiglia Cybo sul finire del XV secolo (in particolare con Lorenzo e Franceschetto Cybo). Questo progetto urbanistico prevedeva l'edificazione di nuove chiese in tutto il territorio ferentillese, di cui una, dedicata a Santo Stefano, sarebbe stata costruita presso il Borgo di Precetto in un’area che ospitava una chiesa medievale del XIII Sec. La chiesa medievale non venne però demolita, al contrario fu utilizzata come base per le fondamenta del nuovo luogo di culto. Gli spazi modificati ed occupati dai pilastri resero possibile un utilizzo alternativo della chiesa inglobata dalla nuova struttura, che divenne infatti cripta sepolcrale della chiesa “superiore”.
La cripta fu quindi riempita con della terra (probabilmente materiali di risulta della lavorazione della pietra utilizzata per edificare la chiesa superiore) che andò a modificare inevitabilmente il livello del pavimento originario.
Dal XVI sec. in poi vennero qui inumati tutti i defunti del Borgo di Precetto (la pratica del seppellimento spettava presumibilmente all'Ordine dei frati minori Cappuccini) fino a quando l'emanazione dell'Editto napoleonico di Saint Cloud “Décret Impérial sur les Sépultures” esteso all'Italia nel 1806 , vietò qualsiasi sepoltura all'interno delle mura cittadine e vennero istituiti i cimiteri extraurbani (l'ultima sepoltura nella cripta è avvenne il 18 Maggio 1871).
Oltre a vietarne la sepoltura fu ordinata la riesumazione dei corpi all'interno della cripta e solo in quel momento si poté constatare la perfetta mummificazione dialcuni di essi.
La cripta presenta ancora oggi elementi architettonici ed artistici risalenti alla fase della chiesa medievale del XIII sec.
Si possono notare infatti l'antico portale di ingresso, i resti dell'abside (demolito per fare spazio ai pilastri) e gli affreschi del XIV e XV sec.
Il pavimento è costituito dalla terra utilizzata per le sepolture compattatasi in seguito all'azione di sgocciolamento dell'acqua sorgiva di montagna che penetra attraverso il soffitto (sul lato Nord si può notare la roccia viva a cui è appoggiato l'edificio).
Dal momento della sua scoperta (specialmente dal XIX sec.) questo luogo è divenuto famoso per la collezione dei corpi mummificati tanto da suscitare l'interesse di numerosi studiosi e di moltissimi visitatori.
È proprio per questo grande interesse che nel 1992 è stato deciso di dar vita ad una nuova musealizzazione e di utilizzare nuove teche espositive per la conservazione dei corpi.
Ad oggi la Cripta - Museo delle Mummie di Ferentillo è uno dei musei più visitati in Umbria.
